為改善大高雄飲用水質，高屏溪流域實施離牧禁養，旗山地區也拆資興建地下污水處理系統，地下污水系統工程歷經豪雨淹水後已經重新施工，但旗山街上所有家庭廢水全部排放在旗山溪，形成一條污濁的溪水，情況怵目驚心。
自來水公司大樹攔河堰以上河段劃定為水源保護區，旗山區高屏溪水系區域禁止養豬，主要是防止養豬廢水污染水源，八十六年營建署撥款在旗山、美濃興建地下污水處理系統，以地下管路將家庭廢水輸入污水處理站淨化，這項工程同樣是改善大高雄飲用水質的措施。
但旗山五明污水處理站從十餘年前施工迄完工，從未正式運作，家庭廢水與主要管線連結也未施工，從海棠、卡玫基、莫拉克颱風的洪水造成旗山淹水，地下污水涵管線路毀損，主體建築五明污水處理站也同時受損，污水處理系統的管線與主體廠房必須重建。
而在八八水災，旗山區因市區內數條大排受阻於旗山溪水位，造成洪水回堵淹入，災後旗山溪砂石疏浚，大排流放的家庭廢水照常排入旗山溪，在旗山大橋下形成一條污黑的河流，污穢的沈澱與泡沫，讓人怵目驚心。
據了解，旗山橋下的家庭廢水排放在一公里多的遠處滲入河床下，民眾指出，不遠處的水巾寮有水公司抽水井，取水供應給旗山地區使用。民眾認為，流入河床的污水成分最複雜，有糞便、洗滌及清潔劑之類的物質，要比養豬廢水更具污染，如果自來水源不受家庭廢水影響，當初就不必實施離牧禁養政策。
