依據行政院衛生署疾病管制局監測資料顯示，腸病毒疫情每年約自3月下旬開始上升，於5月底至6月中達到高峰後，即緩慢降低，而後於9月份開學後再度出現一波流行。以年齡層分析，患者以5歲以下幼童居多，約佔所有重症病例90％；在死亡病例方面，也以5歲以下幼童最多。
人類是腸病毒唯一的傳染來源，主要經由腸胃道（糞-口、水或食物污染）或呼吸道（飛沫、咳嗽或打噴嚏）傳染，亦可經由接觸病人皮膚水泡的液體而受到感染。在發病前數天，喉嚨部位與糞便就可發現病毒，此時即有傳染力，通常以發病後一週內傳染力最強；而患者可持續經由腸道釋出病毒，時間長達8～12週之久。衛生局提醒民眾特別注意自身與嬰幼兒的衛生習慣，在摟抱、餵食嬰幼兒前，大人及小孩務必正確洗手（濕、搓、沖、捧、擦），以降低嬰幼兒感染腸病毒的機會。
呼籲家長若家中嬰幼兒經醫師診斷為腸病毒時，需注意是否出現「嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力」、「肌躍型抽搐」、「持續嘔吐」與「呼吸急促或心跳加快」的腸病毒感染併發重症的前兆病徵，一有懷疑即應立刻就醫，以免貽誤病情。
